キットの構成成分が失活している可能性があります。失活を防ぐために、キットは適切な温度で保存してください。また、使用後、残りの反応液を保存する場合は、凍結融解の繰り返しを避けるために、溶液を分注してください。

ヌクレアーゼが混入している可能性があります。ヌクレアーゼの混入を防ぐためには、ヌクレアーゼフリーのチューブ、チップ、試薬を用い、手袋やマスクを着用して実験を行なってください。プラスミド DNA の精製に用いるキットの種類によっては、精製 DNA に、RNase が混入してくる場合がありますのでご注意ください。詳しくは、こちらをご覧ください。

鋳型 DNA の配列が適切ではない可能性があります。PUREfrex^® で使用する鋳型 DNA には、T7 プロモーター、リボソーム結合部位（SD 配列）、開始コドン、終止コドンが必要です。また、転写産物が二次構造を形成して翻訳反応を阻害する場合があります。鋳型 DNA の設計に関する詳細は、こちらをご覧ください。